古人称阴茎和睾丸为“外肾”，其形态和功能与肾关系密切。本病的病因与先天发育不全，或病后肾虚，或因少年手淫过度导致肾精不足有关。

中医认为阴茎短小多因先天禀赋不足或后天损伤肝肾、致阴茎失养而引起。

按《棠问·上古天真论》观点，男性生殖器官的发育，生殖机能的形成与维持，都与“天癸”这种物质有密切的关系。

而“天癸”来源于肾中精气，故阴茎短小的原因主要责之于肾虚。

肾阳虚衰，命火不足者，外肾失于温煦而不生长;

肾精不足，阴液亏损者，外肾无所营养，以致与同龄人相比，阴茎显著短小。

此外，肝主宗筋，肝之经脉抵少腹.络阴器，肝经血脉瘀滞者，亦令宗筋不长，阴茎短小。

中医认为，要想改善阴茎短小的症状，不可急于求成用大补之药，而要循序渐进，持之以恒。

且肾虚的调养，更要注重标本兼治，才能从内而外改善体质状况。

肾虚了的男人，不持久，疲软，阳痿，易早泄遗精，难以满足性伴需求，自然也谈不上夫妻之间的“幸福”了。

中医认为其治疗思路以补肾益精为要。