其中包括前沿科学问题“中医药防治新发突发传染病（新冠肺炎）的机制是什么？”“高品质道地药材的科学内涵是什么？”“中医药抗耐药菌的机制是什么？”“中医药对‘亚健康’状态认知和干预的科学原理是什么？”四项；产业技术问题“如何构建彰显临床价值的中药质量标准体系？”“如何以质量均一为目标提高中药制剂智能化制造水平？”两项；工程技术难题“如何构建中医药维护脑健康的关键证据体系？”“如何构建面向基层医疗的中医智能化诊疗系统？”两项。

2019~2021年，中华中医药学会连续三年参与中国科学技术协会“重大科学问题、工程技术难题和产业技术问题”征集工作，共遴选出18项问题难题公开发布。2021年，中华中医药学会获中国科协“重大科技问题难题征集发布2020年度优秀成果单位”奖。